Los procedimientos de seguimiento de la trayectoria escolar del estudiantado tienen como objetivo primordial el mejoramiento del aprovechamiento y rendimiento escolar, así como la eficiencia observable en los indicadores de ingreso, permanencia y egreso. Para el ingreso de estudiantes se realiza una selección rigurosa de aspirantes, admitiendo a quienes muestren potencialidad para culminar sus estudios oportunamente. 

Con el fin de garantizar la permanencia y el aprovechamiento escolar se asignan tutores y un comité tutorial, quienes se encargan de darle seguimiento al desempeño académico y de investigación de las y los estudiantes, también orientan en la selección de materias y seminarios optativos, así como en el perfeccionamiento del tema de tesis en el marco de las LGAC de la MCTSS.

Para que la MCTSS analice y utilice la información sobre trayectoria escolar se aplican tres estrategias: a) gestión y utilización de la base de datos del CONACYT, b) asignación y capacitación de personal exclusivo para ingresar, procesar y analizar la información académica del estudiantado, y c) celebración de reuniones periódicas del NA con el fin de analizar las problemáticas que se presenten y tomar decisiones sobre la trayectoria escolar.