El Plan de Estudios de la MCTSS está integrado por un currículo flexible, el cual permite particularizar la formación de cada estudiante con base en unidades de aprendizaje obligatorias y optativas, plan individual de actividades académicas, selección de LGAC, así como movilidad a otras instituciones nacionales e internacionales. La modalidad de enseñanza-aprendizaje contempla seminarios, talleres, prácticas, trabajo de campo y elaboración de tesis de grado. Las unidades de aprendizaje optativas pueden ser cursadas en otros programas de posgrado de la UAGro u otra universidad que los propios estudiantes determinen, en función de la LGAC por la que hayan optado.

Los estudiantes deben dedicar tiempo completo a sus estudios de maestría y cubrir el total de unidades de aprendizaje que se establecen en la estructura curricular del Plan de Estudios de la MCTSS. La estructura curricular se organiza sobre la base de las dos LGAC: 1. Género y Territorio y 2) Territorio y Sustentabilidad Social.